醫學與生命科學學部
生命科學學院
系：- 生物學系
- 生物化學系
- 細胞生物學系
- 遺傳與發育生物學系
- 免疫與微生物學系
- 分子診斷工程研究中心
- 教育部寄生動物學研究室（廈門大學）
- 福建省醫學分子病毒研究中心
- 福建省藥物工程實驗室
- 廈門市醫學分子病毒研究中心
- 廈門市海洋微生物新藥工程技術研究中心
- 廈門市植物遺傳重點實驗室
公共衛生學院
藥學院
系：- 藥學系
- 教育部“核受體腫瘤分子靶點與藥物開發”創新團隊
- 福建省藥學人才培養創新實驗區
- 福建省藥學實驗教學示范中心
- 海洋活性物質功能
- 質量和安全性評價技術平臺
- 廈門化學創新藥研發平臺
- 廈門市代謝性疾病重點實驗室
- 廈門市手性藥物重點實驗室
- 廈門市瘤細胞與分子診療重點實驗室
- 廈門生物醫藥協同創新中心
- 廈門市靶點新藥工程技術研究中心
- 廈門市林下中藥資源工程技術研究中心
- 廈門化學創新藥研發重大平臺（技術支撐單位）
醫學院
系：- 臨床醫學系
- 中醫學系
- 護理學系
- 眼視光系
- 基礎醫學部
- 福建省眼科與視覺科學重點實驗室
- 福建省神經退行性疾病及衰老研究重點實驗室
- 廈門大學抗癌研究中心
- 福建省基礎醫學實驗教學示范中心
- 福建省藥學實驗教學示范中心
- 海峽（廈門）中醫藥科技平臺
- 廈門市手性藥物重點實驗室
- 廈門大學眼科研究所
- 廈門大學消化疾病研究所
- 廈門大學器官移植研究所
- 廈門大學附屬中山醫院
- 廈門大學附屬東南醫院
- 廈門大學附屬廈門眼科中心
- 廈門大學附屬東方醫院
- 廈門大學附屬第一醫院
- 廈門大學附屬成功醫院
- 醫學院教學實驗中心
- 中醫藥研究中心